Реализация основных и дополнительных профессиональных образовательных программ осуществляется в Амурской ГМА на лечебном и педиатрическом факультетах, факультете последипломного образования. Также действует Центр довузовской подготовки для детей и взрослых.
Обучение научно-педагогических кадров в аспирантуре ведется по четырем направлениям: биологические науки, фундаментальная медицина, клиническая медицина, медико-профилактическое дело.
На факультете последипломного образования осуществляются подготовка ординаторов по 23 специальностям, обучение по программам повышения квалификации и профессиональной переподготовки — по 52 специальностям. При вузе работает объединенный совет по защите диссертаций на соискание ученых степеней кандидата медицинских наук и доктора наук по специальностям 14.01.25 — «Пульмонология» (медицинские науки) и 14.03.03 — «Патологическая физиология» (биологические науки, медицинские науки), созданный совместно с ФГБ НУ «Дальневосточный научный центр физиологии и патологии дыхания».
«Амурская ГМА — единственный на Дальнем Востоке медицинский вуз, структурным подразделением которого является клиника кардиохирургии, оснащенная передовым медоборудованием для выполнения кардиохирургических, сосудистых, эндоваскулярных и аритмологических оперативных вмешательств. Это позволяет нам оказывать специализированную, в том числе высокотехнологичную, помощь взрослым и детям как из Амурской области, так и из других регионов», — отмечает ректор вуза, доктор медицинских наук, профессор Татьяна Заболотских.
В число важных подразделений, обеспечивающих подготовку кадров, научную и лечебную работу, входят также научно-практический лечебный центр «Семейный врач» и аккредитационно-симуляционный центр.
С 1974 года в вузе работает центральная научно-исследовательская лаборатория, при которой открыт отдел для проведения доклинических и клинических исследований новых лекарственных субстанций. Лаборатория оснащена современным оборудованием, в том числе единственными на Дальнем Востоке растровым и просвечивающим электронными микроскопами и аппаратами для иммуноморфологических исследований. ЦНИЛ является базой для проведения множества научных исследований — важных для развития отечественной медицины. Так, сотрудниками академии ведутся инновационные исследования по конструированию и синтезу новых биоматериалов, выращиванию клеточных культур для последующего применения в клинической практике, а также по разработке методов ранней диагностики опухолевых заболеваний, прогнозирования метастазов, рецидивов и резистентности опухолей к проводимой терапии.