Биография учреждения началась в здании торгового дома на Старом базаре, в котором с 1910 года располагалась Гимназия коллег преподавателей. Учреждение не раз меняло статус: школа, художественно-промышленная школа, школа с углубленным изучением предметов художественно-эстетического цикла, с 2003 года — гимназия.
И на протяжении десятилетий деятельность гимназии была направлена на развитие творчества, поиск новых подходов к обучению и воспитанию подрастающих поколений. В настоящий момент учреждение является уникальным по образовательной ориентации: здесь реализуется художественно-эстетическое направление (живопись, графика, декоративно-прикладное искусство, изобразительное искусство). В 2020 году Российской академией художеств гимназии был присвоен статус инновационной площадки «Выявление и поддержка молодых талантов в сфере изобразительного искусства». Развитие талантов каждого обучающегося обеспечено за счет взаимодействия основного и дополнительного образования. Дополнительными общеразвивающими программами охвачено около 90% ребят, в кружках художественной и технической направленностей занимаются более 60% детей.
Гимназисты имеют возможность заниматься на экспериментально-лабораторной базе научно-образовательных центров ЮФУ, ДГТУ, Академии архитектуры и искусства, художественного училища имени М. Б. Грекова. Совместная работа с этими учреждениями осуществляется в области научно-образовательной и художественно-творческой деятельности, что обеспечивает непрерывность и преемственность образовательной траектории. Гимназии присвоен высокий статус «Ресурсно-методический центр образовательного кластера Южного федерального округа».
Особую роль в развитии творческого потенциала одаренных детей профильных классов играет пленэрная практика. Опыт гимназии уникален: помимо изучения и решения различных художественных задач, закрепления знаний по композиции, живописи, рисунку, пленэр решает вопросы духовно-нравственного воспитания. Задача педагога — соединить воспитание и обучение через изучение традиций русской культуры, предоставить детям возможность познакомиться с культурным наследием наших предков. Духовное воспитание включает развитие любви к искусству. «Обеспечивая детям условия для развития талантов, мы помогаем им самоопределиться, взрастить в себе творческий подход ко всем сферам жизни, в конечном счете достойно ответить на непростые вызовы времени, — директор МБОУ «Гимназия № 35» Наталья Рыжкова. — Результаты показывают, что приоритеты определены верно: гимназисты ежегодно становятся победителями и призерами Всероссийского конкурса «Большая перемена», Кубка России по художественному творчеству. На региональном этапе Всероссийской олимпиады школьников в текущем учебном году девять гимназистов стали призерами». Гимназия является площадкой проведения II Всероссийского изобразительного диктанта и XII Южно-Российской межрегиональной олимпиады школьников «Архитектура и искусство» по комплексу предметов. В гимназии созданы все условия для развития талантов у максимального количества обучающихся, ежегодно занимающих призовые места в международных и всероссийских конкурсах. Учреждение является крупным культурно-образовательным центром города, обеспечивающим выпускникам «билет в будущее».
